De AutoStore controller fungeert als de centrale besturingshub.
Het is verantwoordelijk voor het bijhouden van de locatie van bakken, robots en poorten en voor het beheer van het verkeer en de routeplanning voor taken die door robots worden uitgevoerd.
Tegelijkertijd behandelt het eManager softwareplatform van Element Logic, op maat gemaakt voor AutoStore, specifieke productinformatie en activiteiten binnen de bakken.