AutoStore-ohjain toimii ohjauskeskuksena.
Se vastaa laatikoiden robottien ja porttien sijainnin seuraamisesta sekä liikenteen hallinnasta ja tehtävien reittisuunnittelusta, jotka robotit suorittavat.
Samanaikaisesti Element Logicin AutoStoreen räätälöity eManager-ohjelmistoalusta hallitsee tiettyjä tuote- ja laatikkotoimintoja.