AutoStore-controlleren fungerer som det centrale kommandocenter.
Den er ansvarlig for at spore placeringen af kasser, robotter og porte samt styre trafik og ruteplanlægning for de opgaver, der udføres af robotterne.
Samtidig håndterer softwareplatformen eManager fra Element Logic – der er skræddersyet til AutoStore – specifik produktinformation og kasseaktiviteter.