Řídicí jednotka AutoStore slouží jako centrální středisko.
Zodpovídá za sledování polohy přihrádek, robotů a přístavů a za řízení provozu a plánování tras pro roboty.
Softwarová platforma eManager od Element Logic, přizpůsobená systému AutoStore, zpracovává specifické informace o produktech a operacích v zásobnících.